Pareiškėjos manymu, Komisija negalėjo jos atžvilgiu priimti teisėto ir pagrįsto nutarimo, nes jai nesuteikta teisė pakeisti Vilniaus apygardos teismo 2003-05-15 sprendimo ir priimti teismo sprendimo neatitinkantį administracinį aktą. Vilniaus apygardos administracinio teismo teisėjų kolegija, išnagrinėjusi administracinę bylą priėjo išvadą, kad Vilniaus apygardos teismas, priimdamas 2003-05-15 sprendimą dėl K. D. Prunskienės, turėjo įstatyminius įgaliojimus ir buvo kompetentingas teismas spręsti Aukščiausiojo teismo sprendimo panaikinimo klausimą, o Komisija priimdama 2009-09-10 nutarimą, vadovavosi negaliojančiu Aukščiausiojo teismo 1992-09-14 sprendimu, todėl šiuo metu negalima įvertinti faktų naujumo ir jo įtakos sąryšyje su Vilniaus apygardos teismo 2003-05-15 sprendimu.
Komisija, manydama, kad yra pagrindas pakeisti Vilniaus apygardos teismo sprendimą, visų pirma turi pasinaudoti proceso atnaujinimo galimybe. Tokia galimybe Komisija nepasinaudojo. Nenustatytas ir įstatyminis pagrindas administracinei procedūrai pradėti. Todėl teismas neperduoda Komisijai klausimą nagrinėti iš naujo, o šio klausimo sprendimą palieka Komisijos nuožiūrai. Teismas nepasisakė dėl surinktų įrodymų pakankamumo, kadangi vykdant administracinę procedūrą buvo padaryti pažeidimai, dėl kurių toks vertinimas netenka prasmės. Vilniaus apygardos administracinio teismo sprendimas per 14 dienų nuo jo paskelbimo dienos gali būti skundžiamas apeliaciniu skundu Lietuvos vyriausiajam administraciniam teismui.
